Фамилия Помятун — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание редким окончанием. В русских фамилиях суффикс -ун встречается нечасто, а в украинской и белорусской традиции он вполне обычен. Именно там, скорее всего, и зародилась эта фамилия. Основа — глагол «помятуть», который в восточнославянских говорах означал «помнить, памятовать». Таким образом, Помятун — это человек, которого прозвали за хорошую память, за то, что он ничего не забывал, или, наоборот, за злопамятность. Второе значение, более вероятное для прозвища, — «тот, кто помнит обиду».

Модель образования проста: глагольная основа + суффикс деятеля -ун. По тому же принципу появились фамилии Бегун, Крикун, Плясун. Суффикс придаёт прозвищу оттенок активного действия или постоянного качества. В украинском языке эта модель особенно продуктивна, поэтому географически фамилия Помятун тяготеет к западным и центральным областям Украины, а также к югу Беларуси. В российских переписях она встречается редко, что подтверждает её западнорусское происхождение.

Версия о связи с польским словом pamiętać (помнить) тоже возможна, но менее вероятна: фамилии на -ун в польском языке единичны. Скорее, это результат влияния украинской или белорусской среды на пограничных территориях.

Интересно, что в русской ономастике нет устоявшейся традиции толкования этой фамилии. Словарь Б. Унбегауна не фиксирует «Помятун» в числе типичных русских фамилий, что лишний раз подчёркивает её локальный характер. Носители фамилии, как правило, выходцы из крестьянской или казачьей среды, где прозвища давались не по отцу, а по личному качеству — и «памятливый» человек мог получить такое прозвище в наследство.