Фамилия Понаиотов — редкий случай, когда мы почти сразу видим не просто русскую основу, а греческий след. Её конструкция прозрачна: корень «Понаиот-» и типичный русский суффикс принадлежности «-ов». Но загвоздка в том, что корень этот не славянский, а восходит к греческому имени Панайотис (Παναγιώτης), что в переводе означает «всесвятой» или «пресвятой» — эпитет Богородицы. В русской традиции это имя давали крещёным грекам, болгарам, а также молдаванам и румынам, находившимся под сильным влиянием греческой культуры.

Как имя Панайотис превратилось в фамилию Понаиотов? Обычно это происходило в несколько этапов. Сначала имя могло стать прозвищем (Понайот, Панайот) для человека, носившего это имя в народе или в семье. Затем, при переходе в русскую среду, к прозвищу добавили русский патронимический суффикс «-ов», означающий «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то». Получается, что Понаиотов — это «сын Панайота». Важно отметить, что в русском языке имя часто упрощалось: греческое Панайотис превращалось в Понайот, а затем — в фамилию.

Географически фамилия Понаиотов нечастая, и её носители в России, скорее всего, потомки греческих переселенцев, которые оседали в Причерноморье, на Кубани, в Новороссии или в южных городах (Одесса, Мариуполь, Таганрог) в XVIII–XIX веках. Многие греки бежали от османского владычества или переселялись по приглашению Екатерины II, и их имена адаптировались под русскую морфологию. Встречается фамилия и в Болгарии, где греческое влияние тоже было сильно, но там чаще пишут как Панайотов или Панайотов.

Стоит отметить, что в русском языке фамилия может иметь варианты написания — Понайотов, Панайотов, Панаиотов. Разница в одной букве («а» вместо «о» в первом слоге) не меняет сути: все они восходят к тому же греческому имени. Изредка встречается форма без суффикса — Понайот, но это скорее исключение, чем правило. Для носителя фамилии Понаиотов важно понимать: её корни — не в ремесле или прозвище по характеру, а в личном имени предка, который, судя по всему, был православным греком и носил имя, прославляющее Богородицу.