Фамилия Пончеев — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В её основе, скорее всего, лежит нецерковное имя или прозвище Пончей. Суффикс -ев указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей-то сын» или «чей-то потомок», то есть сын Пончея.

Само имя Пончей могло возникнуть двумя путями. Первый и самый вероятный — это диалектная или просторечная форма крестильного имени Панкратий (в просторечии Панкрат, Панкратей, Панчей). В русских говорах звук «ч» часто заменял «к» или «ц»: так Панкратей превращался в Панчея, а от него — в Пончея (с изменением гласной под влиянием аканья). Панкратий в переводе с греческого означает «вседержитель» или «всемогущий», но к фамилии это имеет лишь косвенное отношение: она привязана не к смыслу имени, а к его бытовой форме.

Вторая, менее распространённая версия — связь с диалектным словом «понча» или «пончик». В некоторых говорах так называли круглый пирожок или булку. Прозвище Пончей могли дать полному, круглолицему человеку или, наоборот, пекарю. Эта версия менее правдоподобна, потому что прозвища от названий еды обычно образовывались с суффиксом -ник (Пончиков), а не -ей.

Географически фамилия Пончеев тяготеет к югу России и Украине, где аканье и замена «к» на «ч» в именах встречаются чаще. В дореволюционных записях её можно встретить в Курской, Воронежской и Харьковской губерниях. Сословный состав носителей был смешанным: среди Пончеев попадались и крестьяне, и мещане, и однодворцы.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Пончеев стоит в одном ряду с Панкратовым, Панчеевым и Пончуковым. Все они образованы от одного источника — имени Панкратий, но через разные промежуточные формы. Пончеев — самая редкая из них, что делает её ценной для генеалогического поиска: такая фамилия реже менялась при переписях и лучше сохраняет связь с конкретной местностью.