Фамилия Понфёрова — женская форма фамилии Понфёров, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В русской ономастике такие фамилии обычно либо отталкиваются от имени, либо от прозвища. В основе Понфёрова почти наверняка лежит имя Панфил (или Памфил), которое через народное произношение дало вариант «Понфил». В диалектах звук «а» мог переходить в «о» (явление аканья наоборот, хотя и редкое), а «ф» и «п» в просторечии часто менялись местами. Так Панфил превращался в Понфила, а оттуда — в Понфёра.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Понфёров — буквально «сын Понфёра». Само имя Панфил (греч. Πάμφιλος) означает «всеми любимый» или «всеобщий друг». В святцах оно было, но встречалось нечасто, поэтому такая фамилия редкая. Ударение на ё — верный признак, что в основе лежало имя с беглым гласным: Понфёр (а не Понфер).

Есть и другая, менее вероятная версия: от прозвища Понфёра, которое могло возникнуть из искажённого «понфёр» — так в некоторых говорах называли человека, который «понфыривается», то есть важничает или дуется. Но эта гипотеза слабая, потому что глагол «понфыриться» локальный и не дал устойчивой фамильной традиции.

Географически фамилия Понфёрова тяготеет к центральным и южным областям России, где аканье и смешение «ф»/«п» были нормой. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян Понфиловых, а Понфёровы — это более поздняя, упрощённая форма того же корня. Социальный контекст: скорее всего, предки были крестьянами или посадскими людьми, так как фамилии на -ов от просторечных форм имён в дворянской среде не приживались.