Фамилия Понибратец — редкий случай, когда прозвище буквально сохранилось в неизменном виде, лишь обрастая суффиксами. Её основа — «пони-брат» или «пони-братец». В украинском и южнорусском говорах «пони» — это «пониже», «поменьше», «помладше». Прозвище Понибратец давали младшему брату, а точнее — тому, кто по возрасту или положению годился в младшие братья. Но у слова был и второй, насмешливый смысл: так могли назвать человека, который навязчиво лезет в приятели, ведёт себя запанибрата, забывая о субординации.

Суффикс -ец типичен для украинской модели образования фамилий от прозвищ и имён (ср. Малороссец, Братец). Ударение в фамилии падает на второй слог: Понибра́тец. В русской среде фамилию могли переоформить в Понибратов, но исходный вариант сохранился именно в украинской традиции. Географически фамилия тяготеет к Черниговской, Полтавской и Сумской областям, а также к югу России (Курская, Белгородская области) — зоне смешения украинского и русского населения.

С точки зрения социального контекста, Понибратец — фамилия крестьянская и казачья. В реестрах Запорожского войска встречаются прозвища, построенные по той же модели (Понибрат, Понибратенко). Значение прозвища могло меняться от ласкового до ироничного: назвать так могли как младшего любимца в семье, так и выскочку, который «тыкает» старшим.

Спорных версий у фамилии почти нет — корень прозрачен. Единственное, что можно обсудить, это вариант написания через «ы»: Поныбратец. Такая форма встречается в документах XVIII—XIX веков и отражает акающее произношение, характерное для южных говоров. Но в современном написании закрепилась форма через «и».

Фамилия не получила широкой известности за счёт знаменитостей, но именно поэтому она ценна для потомков: Понибратец — прямое указание на то, как в семье или общине называли предка. Был ли он младшим сыном или слишком фамильярным соседом — это уже задача для семейного архива, но прозвище сохранило живую бытовую интонацию.