Фамилия Попанафт — редкий случай в русском ономастиконе, где греческое церковное прозвище соединилось с русским суффиксом принадлежности. Если разобрать её по составу, то основа «Попанафт» почти наверняка восходит к греческому словосочетанию «папа-Анафт» или «папа-Анастас». В греческой традиции «папа» (πάπας) — это уважительное обращение к священнику, а «Анафт» — просторечная или сокращённая форма имени Анастасий (Αναστάσιος, «воскресший»). Таким образом, исходное прозвище означало «поп Анастасий» или «батюшка Анастасий».

Вторая часть фамилии — суффикс -ов — указывает на русскую модель образования: «чей?» — «сын попа Анафта». Такое построение характерно для фамилий, которые давали в среде духовенства или крестьян, контактировавших с греческим православным миром. Интересно, что фамилия не усеклась до привычного «Попанастасьев» или «Попанастасов», а сохранила исходное звучание греческого прозвища почти без изменений. Это говорит о том, что носитель прозвища был, скорее всего, пришлым греческим священником, которого на русской земле называли по его сану и имени, а потомки уже оформили это в фамилию по русскому обычаю.

Географически фамилия Попанафт встречается крайне редко, в основном в южных регионах бывшей Российской империи — на Кубани, в Ставрополье, в Крыму. Именно там были сильны греческие общины, и там же русские переселенцы могли перенять прозвище от местного священника. В центральных областях России эта фамилия практически не фиксируется, что подтверждает её локальное происхождение.

Версия о том, что «Попанафт» — это искажённое молдавское или румынское имя, маловероятна: в этих языках нет типичного для греческого обращения «папа» к священнику, а суффикс -ов однозначно указывает на русский способ образования. Можно уверенно сказать, что первый носитель фамилии был либо греческим священником, либо его сыном, которого в русской деревне прозвали «поповым сыном Анафта». Фамилия сохранила память о конкретном человеке — батюшке Анастасии, служившем в греческом приходе на юге России.