Фамилия Попрукайло — редкий случай, когда прозвище «законсервировало» глагольную форму в повелительном наклонении. В основе лежит украинское или южнорусское «попрукай», то есть «погоняй», «понукай» (от «прукати» — погонять, подгонять, особенно лошадей). Суффикс -ло в украинских фамилиях часто превращает глагольную команду в название действующего лица: «попрукай» + «-ло» = «тот, кто постоянно понукает, погоняет». Это типичная модель для прозвищ, описывающих манеру поведения или род занятий — вспомните аналогичные «Гуляйло», «Ламайло», «Кричило».

Фамилия почти наверняка украинская по происхождению. Географически она тяготеет к западу и центру Украины, встречается в Черкасской, Винницкой, Киевской областях. В России редка и фиксируется в основном среди переселенцев. Ударение, судя по живой речи носителей, падает на второй слог: Попру́кайло, хотя в отдельных говорах возможно смещение.

Первым носителем прозвища мог быть возница или погонщик волов — человек, чья работа требовала постоянных окриков «попрукай!». Но не исключён и переносный смысл: так могли назвать надоедливого, торопливого человека, который всех подгоняет. Украинские фамилии на -ло нередко несли оттенок иронии или лёгкого осуждения, поэтому прозвище могло закрепиться за непоседой или ворчуном.

Словообразовательная модель здесь необычна: глагольная основа в повелительном наклонении плюс суффикс деятеля. Это сближает фамилию с такими же редкими образованиями, как «Покусайло» (тот, кто кусает), «Помазайло» (мазила). В русских фамилиях такая конструкция почти не встречается — она характерна именно для украинской ономастики, где прозвища часто «схватывали» живую речь.

В официальных документах фамилия могла записываться по-разному: Попрукайло, Попрукайла (с окончанием на -а в родительном падеже), реже Попрукайлов — под влиянием русской модели на -ов. Но исходная форма без суффикса -ов — единственно верная с точки зрения этимологии.