Фамилия Повилайтус — редкий для России пример литовской фамилии, которая сохранила свою исходную форму, не обрусев и не получив типичных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский. Её основа — личное имя Повилас, литовский аналог православного Павел. Суффикс -айтус в литовской антропонимии указывает на происхождение от отца: Повилайтус буквально означает «сын Повиласа» или «потомок Повиласа». Такая модель образования фамилий характерна для исторической Жемайтии и Аукштайтии, где фамилии на -айтис (-aitis), -утис (-utis) и -явичюс (-iavičius) фиксировали родство по мужской линии.

В русском языке фамилия закрепилась в написании через «у», хотя в литовском оригинале она звучала бы как Povilaitis. Переход гласной объясняется адаптацией к русской орфоэпии: литовское дифтонгическое сочетание «ai» на слух воспринималось как «ай», а при записи через «а» могло искажаться. Встречается и вариант Повилайтис — он ближе к литовскому произношению, но менее распространён. Географически носители фамилии Повилайтус сосредоточены в Калининградской области, Литве и, в меньшей степени, в Санкт-Петербурге и Москве — это следствие послевоенных миграций и переселений.

Само имя Повилас, лёгшее в основу фамилии, восходит к латинскому Paulus — «малый», «скромный». В Литве оно было популярно среди католического населения, особенно в XVI–XVIII веках, когда литовские крестьяне и горожане активно переходили от одноимённой системы к фамилиям. Таким образом, предки современных Повилайтусов — скорее всего, земледельцы или ремесленники из западных регионов Великого княжества Литовского, чьё прозвание по отцу со временем стало наследственным.

Среди однокоренных фамилий — Повилайтис, Повилайте (женская форма), а также более редкие Повилаускас и Повилавичюс. Все они образованы от того же корня, но с разными суффиксами, что отражает региональные особенности литовской ономастики. В России фамилия Повилайтус остаётся малочисленной, и её носители, как правило, хорошо помнят о литовских корнях, что нетипично для многих фамилий, утративших связь с исходным языком.