Фамилия Пойченко — типичный пример восточнославянской фамилии на -енко, который в украинской ономастике означает «маленький», «сын» или «потомок». Такие фамилии массово формировались в Поднепровье и на Левобережной Украине с XVI–XVII веков, а позже распространились на южные губернии Российской империи. Основа здесь — личное имя или прозвище Пойко, а само словообразовательное гнездо довольно редкое: Пойченко стоит в ряду с Пойко, Пойков, Пойчук, но встречается заметно реже, чем, скажем, Петренко или Шевченко.

Корень пой- неочевиден, и тут возможны две версии. Первая: от глагола «поить» — прозвище Пойко могли дать человеку, который поил скот, разливал напитки или держал корчму. В украинских говорах «пійло» — питьё, а «пойло» в русском — жидкий корм для скота; прозвище могло быть ироничным, если человек часто и много пил сам. Вторая версия: от канонического имени Ипполит (греч. «распрягающий коней») через его народные формы — Полит, Пойлит, Пойло, Пойко. Такая цепочка сокращений типична для украинской народной традиции, где длинные церковные имена ужимались до одного-двух слогов. В пользу этой версии говорит то, что фамилии с корнем Пой- (Пойлов, Пойлин, Пойлит) фиксируются в документах XVII–XVIII веков именно как производные от Ипполита.

Географически фамилия Пойченко привязана к востоку Украины и югу России. По данным современных телефонных справочников и баз адресов, наибольшая плотность носителей — в Днепропетровской, Харьковской областях, а также в Ростовской области и Краснодарском крае. Это совпадает с ареалом активного переселения украинских крестьян в XVIII–XIX веках на свободные земли Новороссии и Кубани.

Сословная принадлежность предков Пойченко, скорее всего, недворянская. Фамилии на -енко в основной массе — казацкие и крестьянские. Если бы род имел шляхетское происхождение, фамилия, вероятнее всего, закрепилась бы в форме Пойчинский или с иным суффиксом. Поэтому можно предполагать, что первый носитель фамилии был либо реестровым казаком, либо вольным поселенцем, получившим прозвище по занятию или имени отца.

Любопытная деталь: в некоторых говорах слово «пойка» означало не только поение, но и небольшую лодку-долблёнку (от «поить» — просмолить лодку для водонепроницаемости). Если прозвище Пойко дали лодочнику или перевозчику, то фамилия Пойченко может хранить память о речном промысле предка — эта версия менее вероятна, но добавляет колорита.