Фамилия Прафеноа — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён или профессий, эта фамилия, скорее всего, имеет искусственное или книжное происхождение. На это указывает нехарактерное для восточнославянской ономастики окончание -оа, которое не является ни типичным русским суффиксом (-ов, -ин, -ский), ни украинским (-енко, -ук). Такое окончание чаще встречается в фамилиях, придуманных в семинарской или академической среде в XVIII–XIX веках.

Наиболее правдоподобная версия — что фамилия представляет собой русифицированную запись греческого словосочетания. В духовных училищах и семинариях будущим священникам нередко давали «говорящие» фамилии, переведённые на греческий или латынь. Основа «Прафеноа» может восходить к греческому «πραΰς» (праус — кроткий, мягкий) и «νοῦς» (нус — ум, разум). Таким образом, фамилия могла означать «кроткий умом» или «смиренномудрый» — качество, высоко ценившееся в церковной среде. Это типичная модель для фамилий выпускников духовных академий, где ценились добродетельные эпитеты.

Альтернативная, но менее убедительная версия — связь с румынским или молдавским языком, где есть слово «prăfuit» (пыльный) или «prăvălie» (лавка). Однако суффикс -оа в молдавских фамилиях нехарактерен, а гласный «е» в корне (Прафеноа, а не Прафноа) делает эту этимологию натянутой.

Поскольку фамилия практически не встречается в исторических документах и современных базах данных, её носители, вероятно, происходят из узкого круга потомков одного священнического рода. Географически такие фамилии чаще всего закреплялись в центральных губерниях Российской империи, где были сильны традиции духовного образования — например, в Ярославской, Костромской или Владимирской губерниях. Сословно предки, скорее всего, принадлежали к белому духовенству. Фамилия Прафеноа — не крестьянская и не купеческая, а книжная, придуманная за письменным столом, и потому хранит в себе след не бытового прозвища, а образовательной программы своего времени.