Фамилия Прафенов — один из тех редких случаев, когда написание подсказывает произношение, а не наоборот. Скорее всего, перед нами фонетический вариант более распространённой фамилии Про́хоров или Про́форов, записанный «на слух». В русских говорах, особенно южных и западных, звук [х] перед гласным нередко переходил в [ф] (сравните: «профа» вместо «проха»), а безударное «о» редуцировалось до «а». Так Прохоров превратился в Прафенова — человека, которого в документах записали так, как произнесли в живой речи.

Если отбросить притяжательный суффикс -ов (указывающий на принадлежность: «чей?» — Прафенов), остаётся основа Прафен-. Она восходит к каноническому имени Прокофий (греч. Prokopios — «преуспевающий», «успешный»). В народной среде это имя давало множество обиходных форм: Прокоша, Проня, Проха, а также Про́фор и Про́хор. Форма Про́фор, в свою очередь, через диалектное «ф» вместо «х» и дала Прафена. То есть носитель фамилии — потомок человека по имени Про́фор (или Про́хор), которого в быту звали Прафеном.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем от слова «прафен» — так в некоторых говорах называли человека простоватого, прямолинейного или, наоборот, хитрого (от диалектного «прафить» — «лукавить»). Но эта гипотеза слабая: прозвищная основа не зафиксирована в авторитетных словарях русских фамилий (например, у Унбегауна или Никонова), а имя Прокофий и его производные встречаются повсеместно.

Географически фамилия редкая и тяготеет к южнорусским областям и бывшим казачьим территориям — там, где аканье и замена «х» на «ф» в просторечии были нормой. Встречаются единичные носители в Воронежской, Ростовской областях и на Кубани. Социальный состав — в основном крестьяне и однодворцы, у которых фамилия закрепилась в XIX веке при переписях, когда писарь записывал услышанное, не сверяясь с церковной книгой.

Таким образом, фамилия Прафенов — не самостоятельное образование, а живой след устной традиции, где имя Прокофий прошло через двойное искажение: сначала сократилось до Профор, а потом обкаталось в говоре до Прафен. Человек с такой фамилией может считать своим предком крестьянина или казака, которого в миру звали Прошей или Прафеном, а в метрике записали Прокофием.