Фамилия Пафенов — один из тех редких случаев, когда написание расходится с тем, что слышится. Произносится она обычно как «Пафёнов», но на письме закрепилась через «е». Это не ошибка, а отражение старой орфографической нормы, когда «ё» часто заменяли на «е» в документах. Поэтому искать корень фамилии нужно в звучании: в основе лежит имя Пафён.

Пафён — это народная, разговорная форма крестильного имени Парфений. Имя Парфений (от греческого παρθένος — «девственный», «чистый») в русском быту сократили и переделали до Пафёна или Парфёна, а в некоторых говорах — и до Пафена. Фамилию образовали по самой распространенной модели: от имени отца (Пафён) с помощью притяжательного суффикса -ов. Таким образом, Пафенов буквально означает «сын Пафёна», то есть потомок человека, которого звали Пафён.

Суффикс -ов указывает на принадлежность, и это типично для великорусских фамилий, возникших в центральных и северных районах. В южных и западных регионах чаще встречались бы формы на -енко или -ук. Следовательно, географически предки Пафеновых, скорее всего, выходцы из северной или центральной части России, где имя Парфений было в ходу среди крестьян и посадских людей.

В ономастических справочниках фамилия Пафенов не так частотна, как её «правильный» вариант Парфёнов или более распространённый Парфенов. Это говорит о том, что в какой-то момент ветвь рода закрепила за собой именно эту, упрощённую и фонетическую, запись. Встречается она и в написании через «о» — Пофенов, что тоже результат акающего произношения (Пафён звучало как «Пофён»). Так что, если вы встретили Пафенова, перед вами, вероятно, потомок человека, которого в быту звали Пафён, а имя Парфений осталось только в церковных книгах.