Фамилия Пафьянов — редкая и неочевидная с первого взгляда. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся основа Пафьян. В ней слышится что-то нерусское, и это верный след.

Наиболее вероятное объяснение: Пафьян — это народная, разговорная форма канонического имени Пафнутий. Имя греческого происхождения, означающее «относящийся к богу Пафнутию» (в античной мифологии так звали одного из египетских божеств), но в русской традиции прочно ассоциировалось с преподобным Пафнутием Боровским. В крестьянской и купеческой среде длинные церковные имена часто укорачивали и переделывали на свой лад: Пафнутий превращался в Пафню, Пафушу, а в некоторых говорах — в Пафьяна. Форма Пафьян могла возникнуть под влиянием южнославянских или польских вариантов, где сочетание «ну» заменялось на «н» с мягким знаком, либо как результат упрощения неудобного для произношения стечения согласных. Таким образом, Пафьянов — буквально «сын Пафьяна», то есть потомок человека, которого в быту звали Пафьяном вместо Пафнутия.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с тюркским или иранским корнем «паф» или «пах», означающим «чистый», «святой», или с именем Паф (как сокращение от Пафлагония — исторической области в Малой Азии). Однако для славянской фамильной модели с суффиксом -ов такое происхождение нетипично: обычно иноязычные имена давали основу без добавочного «-ян», если только это не было результатом адаптации через украинское или белорусское посредничество (где -ян- — вариант суффикса -ен-). Географически фамилия Пафьянов встречается точечно, преимущественно в центральных и южных регионах России, что косвенно подтверждает её происхождение от местного, а не пришлого прозвища.

Итак, с большой долей уверенности можно сказать: предок носителей фамилии Пафьянов звался Пафьяном — так в обиходе называли Пафнутия. Он мог быть крестьянином, ремесленником или священнослужителем (имя Пафнутий было популярно в монашеской среде), но в любом случае его личное прозвище закрепилось за родом как фамилия. Никакой тайны, кроме забытого произношения церковного имени, за ней нет.