Фамилия Паофенов — редкая и, на первый взгляд, тёмная. Её основа не укладывается в ряд привычных русских имён или прозвищ. Чтобы понять происхождение, нужно отбросить стандартную логику «от имени Павел» и присмотреться к написанию.

Ключ к разгадке — возможная описка или фонетическое искажение. В дореволюционных метриках и переписных листах фамилию могли записать на слух. Самая правдоподобная версия: Паофенов — это искажённая форма фамилии Пафенов, которая, в свою очередь, восходит к крестильному имени Пафнутий (греч. «принадлежащий к роду»). В народной речи имя Пафнутий сокращали до Пафен, а затем, при плохой слышимости буквы «ф» или из-за местного говора, могли записать как «Паофен». Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: сын Паофена (читай: Пафена).

Менее вероятная, но тоже возможная версия — связь с диалектным словом «паоф» или «паоха». В некоторых северных говорах так называли нерасторопного, вялого человека или, наоборот, того, кто «паохает» — тяжело вздыхает, охает. Прозвище Паоха могло закрепиться за человеком с такой манерой поведения, а его потомки стали Паофеновыми. Однако эта гипотеза слабее, так как не объясняет появление буквы «ф» в середине фамилии.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России, где имя Пафнутий было в ходу (вспомним хотя бы Пафнутьево-Боровский монастырь). Сословно носители фамилии — скорее всего, крестьяне или мещане, чью фамилию записал грамотный, но не слишком внимательный писарь. Уникальность Паофенова в том, что это не самостоятельный корень, а зеркало живой народной фонетики: фамилия показывает, как официальное церковное имя могло «обкататься» в деревенском произношении до неузнаваемости.