Фамилия Праокген — редчайший случай в русской ономастике. Она не вписывается ни в одну из типичных словообразовательных моделей: нет суффиксов -ов, -ин, -ский, нет окончания, типичного для фамилий. По сути, это застывшая форма, которая с первого взгляда воспринимается как иноязычная. И это, скорее всего, так и есть.

Самая правдоподобная версия — немецкое или голландское происхождение. Основа «Praok» (или «Praock») может быть искажённым вариантом немецкого «Probst» (пробст — настоятель собора, старший пастор) или нидерландского «Praat» (речь, говор) с прибавлением «gen» — суффикса, указывающего на происхождение или принадлежность (как в фамилиях типа «Degen» — «меч», «Wagen» — «повозка»). В таком случае фамилия могла означать «тот, кто из рода Пробста» или «сын Говоруна». Вторая версия, менее вероятная, — искусственное происхождение. В XIX веке в Российской империи при выдаче паспортов или при переписи населения чиновники могли записать фамилию со слуха, исказив сложное нерусское слово. Например, еврейская фамилия «Прагер» (от города Прага) могла превратиться в «Праокген» из-за неразборчивого почерка или диалектного произношения.

Если предположить, что фамилия всё же русская по форме, то её можно разобрать как «Пра-ок-ген», где «пра» — приставка со значением «предок, древний» (как в слове «прадед»), «ок» — возможное окончание древнего имени или прозвища (ср. фамилии Окин, Оков), а «ген» — искажённое «жень» или «щень» (уменьшительный суффикс в некоторых говорах). Но это натяжка: ни один известный ономастический словарь (Унбегаун, Веселовский, Никонов) не фиксирует подобной модели. Фамилия Праокген — явный уникум, и её носитель, скорее всего, имеет предка-иностранца, который обрусел, или же фамилия возникла случайно из-за ошибки писаря. Других версий, опирающихся на реальные данные, нет — это тот случай, когда история фамилии теряется в тёмном пятне, и любое утверждение остаётся гипотезой.