Фамилия Прапанин — редкая и нестандартная. Её основа «Прапан-» не встречается в распространённых славянских именах и прозвищах, поэтому ключ к разгадке лежит в суффиксе и возможной географии.

Словообразовательная модель указывает на типичный русский суффикс принадлежности -ин, который образует фамилии от основ, оканчивающихся на -а, -я (ср.: Ильин, Пушкин). Значит, исходное имя или прозвище звучало как Прапана (или Прапаня). Но что это могло быть?

Наиболее правдоподобна версия, что в основе лежит полное или просторечное имя Прокопий (от греческого «преуспевающий»). В народе его переделывали в Прокоп, Прокофий, а в некоторых диалектах — в Прако́п (с аканьем: «пра» вместо «про»). От формы Пракоп могла образоваться ласкательная или уменьшительная Прапана (с заменой «к» на «п» для удобства произношения, как в диал. «прапор» вместо «прапорщик»). Тогда фамилия Прапанин буквально означает «сын Прапаны», то есть потомок человека по имени Прап (из Прокопия).

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «прапа́ть» (пропадать, исчезать) или «прапор» (знамя, стяг). В первом случае прозвище Прапана мог получить нерасторопный или вечно теряющий вещи человек. Во втором — предок мог быть знаменосцем (прапорщиком), но тогда фамилия скорее писалась бы как Прапорин или Прапорщиков. Форма Прапанин ближе к личному имени, чем к прозвищу от должности.

Географически фамилия встречается точечно, чаще в северных и центральных областях России (Вологодская, Костромская, Кировская области), где акающие говоры и традиция переделывать церковные имена в бытовые формы были особенно сильны. Сословно носители фамилии — скорее всего, крестьяне или мещане, так как фамилия образована от просторечного, а не книжного варианта имени.