Фамилия Прапоа — редкий случай в русской ономастике. В ней нет ни привычного суффикса -ов/-ев, ни -ин, ни -ский. Окончание на -а, причём не отчественное, а скорее застывшее в именительном падеже, выдаёт в ней, вероятнее всего, украинское или белорусское происхождение. В этих языках фамилии нередко сохраняли форму прозвища или профессии без дополнительного оформления.

Основа фамилии — «прапоа» — почти наверняка восходит к слову «прапор» (знамя). В украинском языке «прапор» — это флаг, а «прапорщик» (или «прапорний») — знаменосец, младший офицерский чин. Чередование «р» и отсутствующего звука здесь могло возникнуть из-за диалектного произношения: в некоторых говорах «прапор» звучало как «прапоа» с редукцией конечного «р». Таким образом, Прапоа — это, скорее всего, прозвище знаменосца, человека, нёсшего знамя в войске или в казачьем отряде.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с польским «praporek» (вымпел, флажок) или с чешским «praporec» (значок). Если предки носителя фамилии происходили с западнославянских территорий, прозвище могло закрепиться за тем, кто делал или носил такие знаки различия. Однако украинский контекст для фамилий с окончанием на -а более типичен.

Географически фамилия Прапоа тяготеет к западноукраинским землям, где было сильно влияние польского языка и где казацкая традиция знаменосцев была распространена. Встречается она и в Гродненской области Беларуси. Сословно носители такой фамилии могли быть казаками, мещанами или крестьянами, получившими прозвище по военной службе предка. В дворянские роды, как правило, попадали через выслугу чина прапорщика, но сама фамилия Прапоа — скорее уличное, бытовое прозвище, а не документированное родовое имя знати.

Интересно, что фамилия не изменила своей формы при русификации: её не переделали в Прапорова или Прапоренко, а оставили как есть. Это говорит о том, что носители либо жили в местности, где украинская модель фамилий была нормой, либо переселились в великорусские губернии уже в XX веке, когда искусственная переделка фамилий перестала быть обязательной.