Фамилия Праткунас — редкий случай, когда русская по форме фамилия оказывается литовской по происхождению. Окончание -ас типично для литовских фамилий мужского рода в именительном падеже (сравните: Будрайтис, Садаускас). В русском языке такое окончание часто сохраняют без изменений, хотя в бытовом общении могли «обрусить» до Праткунов или Праткунасов — но в документах чаще закреплялся исходный вариант.

Основа фамилии — литовское прозвище или имя Prátkus. В литовском языке pràkti означает «лопнуть, треснуть», а prãtkus — «тот, кто лопается» или, в переносном смысле, «вспыльчивый, взрывной человек». Прозвища по характеру были очень распространены в литовской среде: так могли назвать человека с горячим нравом, который «взрывается» по любому поводу. Вторая версия, менее вероятная, связывает корень с prãtas — «ум, разум»: тогда Праткунас мог означать «умник» или «рассудительный». Но учитывая, что в литовской антропонимии прозвища по недостаткам встречаются чаще, чем по достоинствам, первая версия выглядит убедительнее.

Фамилия могла возникнуть на территории современной Литвы, а затем попасть в русскую или польскую среду через миграцию. В метрических книгах XIX века такая фамилия встречается в основном среди крестьян и мещан Ковенской и Виленской губерний. Суффикс -ун-ас (лит. -ūnas) указывает на принадлежность или свойство: Праткунас — буквально «сын Праткуса» или «человек, похожий на Праткуса». Это типичная патронимическая модель для литовских фамилий, где -ūnas выполняет ту же роль, что русское -ов/-ев.

Сегодня носители фамилии Праткунас живут не только в Литве, но и в России, Беларуси, а также в диаспорах в США и Германии. Из-за редкости фамилии её легко отследить в архивах: если ваши предки носили её, то, скорее всего, происходят из западных губерний Российской империи, где литовское население было смешано с поляками и белорусами.