Фамилия Проткунас — редкий пример литовской по происхождению фамилии, которая в русском языке сохранила характерный балтийский суффикс -унас. В отличие от большинства фамилий славянского ареала, которые оканчиваются на -ов, -ин или -ский, фамилии на -унас (как и на -явичюс, -айтис) прямо указывают на литовские корни и не были русифицированы. Это значит, что предки носителя фамилии, скорее всего, были литовцами или жителями исторической Литвы (включая территории современной Беларуси и Польши) и сохранили национальную форму фамилии при переходе в русскоязычную среду.

Основа фамилии — литовское слово protas, что значит «ум, разум, рассудок». Суффикс -унас в литовской антропонимии образует фамилии по модели «сын такого-то» или «относящийся к такому-то». Таким образом, Проткунас — это «сын Проткаса» или «тот, кто происходит от человека по прозвищу Проткас». Само прозвище Проткас могло означать «умник», «разумный человек» или, напротив, иронично указывать на кого-то недалёкого — в зависимости от контекста, в котором его дали.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: корень prot- + уменьшительно-именной суффикс -k- (как в личных именах: Юргис — Юркас, Казимерас — Казюкас) + фамильный суффикс -унас. Буквальное значение фамилии — «маленький умный» или «сын того, кого называли Умником».

Географически фамилия Проткунас наиболее вероятно происходит из региона Аукштайтии (северо-восток Литвы) или из приграничных с Литвой районов Беларуси, где литовские фамилии на -унас встречаются чаще. В дореволюционных метрических книгах такие фамилии могли записывать по-русски с окончанием -ус или -ун, но форма Проткунас — это уже поздняя фиксация в документах XX века.

В отличие от распространённых фамилий вроде Протасов (от греческого имени Протасий) или Протопопов (церковный чин), Проткунас не имеет к ним никакого отношения. Это чисто балтийская фамилия, и её носители — потомки литовских крестьян или мелкой шляхты, которые не перешли на славянские фамильные модели.