Фамилия Проткина образована от имени Протка, и в этом её разгадка. Само имя Протка — это, скорее всего, уменьшительная форма редкого канонического мужского имени Прот. В переводе с греческого оно означает «первый». Покровителем этого имени считают мученика Прота, чей день памяти приходится на 6 января.

Однако не всё так однозначно. Имя Протка могло быть сокращением и от других греческих имён, начинающихся на «Прот-». Среди них — Протасий («передовой, передний»), Протерий («предыдущий, предшествующий»), Протион (вариант имени Прот), Протоген («перворожденный, первенец») и даже Протолеон («первый лев»). Такая путаница типична для народной традиции, где редкие и сложные для произношения церковные имена нередко ужимали до одного привычного звучания.

Сама модель образования фамилии проста и понятна: суффикс «-ин» указывает на принадлежность. Потомок человека, которого звали Протка, со временем получал фамилию Проткин. Судя по простоте и народности имени, основатель рода Проткиных был человеком из простого сословия, а не из знати, где предпочитали полные формы имён.

Сведения о представителях фамилии сохранились в архивных документах. Например, в Книге памяти Кемеровской области записан Проткин Василий Никитович, родившийся в 1911 году в Алтайском крае, в Тогульском районе, в селе Старотогул. Эта запись — редкое свидетельство того, что фамилия встречалась в Сибири в начале XX века, что лишний раз подтверждает её давнее бытование в крестьянской среде.