Фамилия Прелатов — одна из тех, что прямо указывает на церковную иерархию. В её основе лежит слово «прелат» (от латинского praelatus — «поставленный впереди, старший»). В католической церкви так называли высших духовных сановников: епископов, архиепископов, аббатов. Однако в России, где господствовало православие, этот термин был чуждым и книжным. Поэтому фамилия Прелатов почти наверняка не народная, а искусственная — семинарская.

В XVIII–XIX веках в духовных училищах и семинариях будущим священникам нередко давали фамилии по церковным реалиям, праздникам или латинским и греческим словам. «Прелатов» — типичный пример такой «учёной» фамилии, образованной по модели «основа + суффикс -ов». Её мог получить семинарист, чей отец (или он сам) выделялся познаниями в латыни или имел отношение к католической учёности, либо просто как звучная фамилия, подчёркивающая церковный сан. Менее вероятно, но возможно, что носитель фамилии происходил из семьи, где кто-то служил у католического прелата (например, в западных губерниях Российской империи, где жило много поляков и униатов).

Интересно, что фамилия Прелатов встречается гораздо реже, чем, скажем, Попов или Дьяконов. Она не получила массового распространения, потому что слово «прелат» так и осталось для русского уха иностранным. По данным открытых источников, основная масса носителей живёт в центральной России и на юге, что косвенно подтверждает её семинарское происхождение: духовные училища были именно там, а не в местах компактного проживания католиков. Если сопоставить её с однокоренными фамилиями — Прелатовский, Прелатский, — то вариант с суффиксом -ов выглядит самым простым и прямым, без лишних прибавок.

Коротко: предки человека с фамилией Прелатов — скорее всего, русские священнослужители, получившие её в семинарии за учёность или по традиции давать «латинские» фамилии. Это не прозвище, а сознательное книжное образование, которое в XIX веке звучало торжественно и необычно.