Фамилия Прежесецкая — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищное происхождение. Основа здесь — топоним, и ключ к разгадке лежит в польском и белорусском пограничье. Суффикс -цк- (в форме -ецк-) указывает на шляхетское или, шире, землевладельческое происхождение: так образовывали фамилии от названий имений, местечек или усадеб. Человек, получивший фамилию Прежесецкий, скорее всего, владел или происходил из населённого пункта с корнем «Прежесец-». На картах Восточной Европы и в документах XVI–XVIII веков встречается несколько сел и урочищ с похожими названиями — Прежесеки, Прежесец, — особенно на территории современной Западной Украины и юго-восточной Польши (исторические Волынь, Подляшье, Галиция).

Первая часть фамилии, «Преже-», — это не польское prze (через, сквозь), а скорее праславянская приставка *per- (пере-), которая в польском языке дала prze-. Вторая часть восходит к глаголу «сечь» (польск. siec). Таким образом, «Прежесецкий» буквально означает «тот, кто из Прежесека», а сам Прежесек — это, вероятно, место, где «пересекали» лес (вырубка, просека) или где проходила граница владений. В польской ономастике фамилии на -ецкий от подобных топонимов — обычное дело, достаточно вспомнить Залесский, Острожецкий или Кшесецкий. Отсутствие в фамилии типичного польского носового звука (ą, ę) или сочетаний -rz- (как в Przerzec) — не ошибка, а возможный диалектный или украинский вариант произношения: в украинском языке «пересіка» звучит ближе к «прежесік», чем к польскому «пшежесек».

Сословно фамилия не гарантирует дворянства, но указывает на статус владельца земли. Если предок носил такое окончание, он, вероятно, был не крестьянином, а мелкопоместным шляхтичем, однодворцем или войтом, чья фамилия закрепилась за потомками после разделов Речи Посполитой. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века Прежесецкие встречаются в Волынской, Гродненской и Минской губерниях, что подтверждает ареал бытования. Правописание могло колебаться: в документах встречаются варианты Пржесецкий (с твёрдым р) и даже Пересецкий — это следы адаптации к русской орфографии и местному произношению.