Фамилия Прочковская принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от географических названий с помощью суффикса -ский/-цкий. Такие фамилии обычно указывали на происхождение человека из определённой местности, села или города. Основа фамилии — «Прочк-», которая восходит к названию населённого пункта вроде Прочки, Прочково или Прочков. Такие топонимы встречаются в разных регионах России, например, есть деревня Прочково в Псковской области. Женская форма фамилии — Прочковская — указывает на то, что её носительница является женщиной, а мужской вариант, очевидно, Прочковский.

Корень «Прочк-» неочевиден. Самая вероятная версия — он связан с прилагательным «прочный» или глаголом «прочить» (предназначать, готовить). В старину прозвище Прочко могли дать человеку надёжному, крепкому, или же тому, кого «прочили» в какое-то дело. Менее вероятная, но возможная версия — от диалектного «прочка» (небольшая речка, протока) или от имени Прохор в народной форме Прошка, где «ш» могло перейти в «ч». Однако в случае с топонимической фамилией первично название места, а не личное прозвище.

Фамилия Прочковская — относительно редкая. Она встречается в основном в западных областях России и в Беларуси, что типично для фамилий на -ский, которые активно формировались в шляхетской среде Речи Посполитой и затем распространились среди православного населения. Носители фамилии могли быть выходцами из мелкопоместных дворян или крестьян, получивших фамилию по названию деревни, где они жили. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от имени отца, Прочковская — это фамилия-индикатор места, и её обладатели, скорее всего, происходят из одной конкретной местности, где было селение с похожим названием.