Фамилия Продэ — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно. Сразу бросается в глаза нехарактерное для русских фамилий окончание: суффикс -э, а не привычные -ов, -ин, -ский. Такое окончание почти всегда указывает на западное, чаще всего польское или украинское влияние, где фамилии на -э (или -е) не редкость. В польском языке это могла бы быть форма Prade или Prode, а в русской передаче буква «э» закрепила твёрдое произношение предшествующего согласного.

Основа фамилии — «Прод-». Самая вероятная версия: перед нами усечённая форма от польского слова «próba» (проба) или «pród» (в значении «испытание», «попытка»). В таком случае Продэ — это прозвище человека, который что-то пробовал, испытывал, возможно, занимался оценкой качества товаров (например, пробирное дело) или был известен своим скептицизмом и привычкой всё проверять. Менее распространённая, но возможная версия — связь с диалектным польским «pród» (прут, молодой побег), что дало бы прозвище высокому, тонкому человеку.

В русском контексте фамилия могла возникнуть и как результат адаптации румынской или молдавской фамилии Prode (от румынского «prode» — «простоватый», «наивный»). В Бессарабии и на юге Украины такие фамилии с конечным -э встречались у переселенцев. Если предки носителя Продэ были выходцами из Молдавии или Румынии, фамилия могла закрепиться в документах именно в такой записи.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия не вписывается в типичный русский патронимический ряд. Её носители, скорее всего, происходят из западных губерний Российской империи (Волынская, Подольская, Гродненская) или из числа польской шляхты, у которой фамилии на -э встречались как у бедных однодворцев, так и у знати. В советское время фамилия могла быть русифицирована до Продов или Продев, но исходная форма Продэ сохранилась, возможно, благодаря её компактности и необычности.