Фамилия Прогентос — редкая и необычная для русского слуха. Её основа не имеет славянских корней и не выводится из привычных прозвищ, ремёсел или имён, которые легли в основу большинства русских фамилий. Скорее всего, перед нами фамилия искусственного, книжного происхождения, созданная от латинского слова «progenies» — «потомство», «род», «порождение». В таком случае Прогентос можно перевести как «потомок» или «отпрыск» в несколько возвышенном, почти терминологическом смысле. Вариант с греческим влиянием (от «progenitor» — предок) также возможен, но менее вероятен, так как суффикс «-ос» в русской передаче чаще встречается именно в латинизированных формах.

Фамилия не могла возникнуть в крестьянской или ремесленной среде — для этого она слишком книжна. Её появление связано с духовными учебными заведениями (семинариями, академиями) XVIII–XIX веков. В России была традиция давать будущим священникам и церковнослужителям «говорящие» фамилии на латыни или греческом, которые подчёркивали их происхождение, добродетель или церковную роль. Прогентос мог получить выпускник семинарии, чьё прозвище или фамилия отца звучали слишком просто для духовного звания — например, Сынов, Сычёв или Родионов. Наставники переводили корень на латынь и добавляли характерное окончание, создавая новую, благозвучную для того времени фамилию. Так рядом с Троицкими, Любомудровыми и Сперанскими появлялись Прогентосы.

Суффикс «-ос» в фамилии не является русским патронимическим формантом (как «-ов» или «-ин»), а указывает на прямой заимствованный корень. Это делает фамилию уникальной в словообразовательном плане: она не склоняется по привычной модели, а её носители — почти наверняка потомки выходцев из духовного сословия. География фамилии крайне узкая: единичные случаи встречаются в центральных губерниях России, где были сильные духовные школы (Ярославская, Владимирская, Костромская), а также среди потомков эмигрантов первой волны, сохранивших память о семинарском происхождении.

Правдоподобнее всего считать, что Прогентос — не случайное совпадение, а осмысленный ономастический конструкт. В отличие от фамилий, возникших стихийно из прозвищ, эта была дана сознательно и несла в себе идею преемственности: «рождённый для служения». В редких случаях фамилия могла быть изменена при переходе в светское состояние — например, из Прогентос в Прогентьев или Прогентов, но оригинальная форма сохранилась именно в церковных метриках.