Фамилия Прохуренко образована по типичной украинской модели с суффиксом -енко, который указывает на происхождение от отца или предка. В буквальном смысле Прохуренко — это «сын Прохура» или «потомок Прохура». Такие фамилии на -енко массово закрепились в Поднепровье, на Левобережной Украине и в Слобожанщине в XVII–XVIII веках, когда отчества постепенно превращались в наследственные фамилии.

В основе фамилии лежит имя Прохур — народная, разговорная форма канонического имени Прокофий (от греческого Прокопиос — «успевающий», «преуспевающий»). В украинской среде имя Прокофий в быту сокращалось и видоизменялось: Прохор, Прохир, Прохур. Именно форма Прохур и легла в основу фамилии Прохуренко. Важно не путать её с фамилией Прохоренко, образованной от более распространённого варианта Прохор: тут исходное имя звучало иначе — через «у», что характерно для некоторых говоров центральной и западной Украины.

Встречается и редкая версия, что Прохур могло быть прозвищем, а не формой имени. В украинских говорах слово «прохур» иногда связывали с глаголом «прохурити» — «прогулять», «промотать». Но эта гипотеза слабая: подавляющее большинство фамилий на -енко образовано именно от крестильных имён, а не от прозвищ с негативным оттенком. К тому же имя Прокофий в народе давало множество вариантов, и Прохур — один из них, вполне обычный.

Фамилия Прохуренко не относится к дворянским или шляхетским — такие модели на -енко в основном носили казаки, крестьяне и мещане. В реестрах Запорожского войска и переписях Гетманщины встречаются однофамильцы с похожими основами, но конкретно Прохуренко — достаточно редкий вариант. Сегодня фамилия распространена в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев в России, Казахстане и дальнем зарубежье.