Фамилия Проненкова образована от имени Проня — так в старину в народе называли человека, носившего одно из церковных имён: Прокл, Прокопий, Протасий или Прохор. Все они греческие по происхождению, но значения у них разные. Прокл — «минувшая слава», Прокопий — «опережающий, преуспевающий», Протасий — «передовой, первый», а Прохор — «запевала, руководитель хора». Для повседневной речи такие длинные имена были неудобны, поэтому их сокращали до короткого и привычного Прони, которое и закрепилось в обиходе.

Сам по себе суффикс -енк- в основе указывает на старое русское словообразовательное гнездо. В фамилии Проненков мы видим форму, где к имени Проня добавили суффикс -енк-, а затем патронимический -ов. Такая модель встречается реже, чем простые -ов или -ин, и говорит о том, что фамилия закрепилась не в центральных великорусских говорах, а скорее на территориях, где ощущалось влияние украинской или белорусской традиции именования. Впрочем, со временем она распространилась и в другие регионы.

Скорее всего, основатель рода Проненковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Фамилии, образованные от уменьшительных форм крестильных имён, в этих сословиях появлялись массово начиная с XVI–XVII веков, когда государству понадобилось учитывать всех тяглых людей. Простой человек редко носил полное церковное имя в быту — его звали Проней, и это прозвище переходило детям. Потомок человека с именем Проня со временем получал фамилию Проненков, отвечая на вопрос «чей ты?» — Проненков, то есть из семьи Прони.

Отдельно стоит сказать о женской форме Проненкова. Она образована по той же модели, что и большинство русских фамилий: мужская форма Проненков применительно к женщине принимает окончание -а. Никакого отдельного смысла это окончание не несёт, это чисто грамматическое согласование.

Если сравнивать фамилию с однокоренными, то ближайшие родственники — Пронин, Пронькин, Проненко. Все они восходят к тому же имени Проня, но разные суффиксы показывают, где именно закрепилась фамилия. Проненков — форма, которая могла возникнуть на стыке великорусской и малорусской традиций, что делает её особенно интересной для тех, кто ищет свои корни.