Фамилия Пронюшкина — женская форма, а мужская, Пронюшкин, образована от прозвища или имени Пронюшка. Это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Прон — народного варианта Прокофий (от греческого «прокопэ» — успех, преуспевание). В русском языке суффикс -юшк- (Пронюшка) указывал на нежный, домашний вариант имени, а сама фамилия, скорее всего, закрепилась как «сын Пронюшки» или «внук Пронюшки».

Интересна не столько основа, сколько модель. Суффикс -ин в фамилиях типичен для северных и центральных русских говоров, а также для фамилий, образованных от слов на -а/-я. Но здесь цепочка не прямая: не от Проня (как Пронин), а от Пронюшка. Такая форма с двойным уменьшительным суффиксом (-юшк- + -ин) встречается реже, чем простые варианты вроде Пронин или Прокофьев. Она выдает народную, диалектную среду, где имя перекраивали на свой лад, а не держались за церковный канон.

Вероятно, предок носителя фамилии был человеком незнатного рода, крестьянином или посадским, которого в быту звали не иначе как Пронюшка. Фамилия могла закрепиться в конкретной местности, где этот вариант имени был особенно распространен. Географически фамилия Пронюшкин встречается в Поволжье и центральных областях России, но не входит в число массовых.

Редкий случай, когда в основе лежит не просто имя, а его ласкательный вариант, который сохранил тепло семейного обихода. Спорных версий у фамилии нет: ни с каким ремеслом или прозвищем по внешности она не связана, только с личным именем.