Фамилия Пронюшкин произошла от имени Пронюшка — так в старину ласково или уменьшительно звали человека, носившего одно из крестильных имён, начинающихся на «Про». В эту группу попадали Прокл, Прокопий, Протасий, Прохор и некоторые другие, менее распространённые имена. Каждое из них имело собственное значение: Прокл переводили с древнегреческого как «минувшая слава», Прокопий — как «преуспевающий», Протасий — как «передовой», а Прохор — как «запевала» или «руководитель хора». В быту все эти Проклы и Прохоры часто сливались в одно простое имя Проня, а уже от него образовывали уменьшительную форму Пронюшка.

Модель образования фамилии проста и типична для русского ономастикона: к основе Пронюшк- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Буквально фамилия означала «чей-то сын», «ребёнок Пронюшки». Такой способ называния был широко распространён в XVI–XVII веках, когда у человека, носившего уличное или домашнее имя, дети получали прозвание по отцу, и это прозвание со временем закреплялось как наследственная фамилия.

Интересно, что фамилия сохранила в себе именно разговорную, народную форму имени, а не церковную или книжную. Если бы предок записался по святцам, мы бы имели дело с фамилиями вроде Проклов или Прохоров. А Пронюшкин выдаёт живую речь, ту среду, где имя сокращали, перекраивали на свой лад и передавали дальше уже в этом домашнем виде. Поэтому за фамилией стоит не конкретный святой, а скорее повседневный быт и привычка звать человека коротко и тепло.

Поскольку имя Проня было довольно распространено в северных и центральных русских землях, фамилия Пронюшкин встречается в разных регионах, но чаще всего её корни ведут в среднерусскую полосу. В писцовых книгах и переписных листах XVII века можно найти крестьян и посадских людей с таким прозванием, однако точных дат и имён первых носителей мы не знаем — архивные записи по этой фамилии не собраны в единый свод. Можно лишь уверенно говорить, что родоначальник был человеком незнатным, скорее всего крестьянином или ремесленником, и фамилия его родилась естественным путём, без книжной выдумки.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Пронин, Пронкин, Пронюшкин — показывает, что все они образованы от одного корня, но разными суффиксами. Пронюшкин выделяется тем, что сохранил двойной уменьшительный суффикс -ушк-, который придаёт форме особую мягкость. Такие фамилии встречаются реже, чем простые Пронины, и потому звучат более по-домашнему, хотя и несут ту же самую память о предке по имени Проня.