Фамилия Пронина отвечает на вопрос «чей?» и принадлежит к самому распространённому типу русских фамилий — патронимическим. Её основа — просторечное мирское имя Проня, которое в старину было не самостоятельным, а сокращённой, «домашней» формой сразу нескольких крестильных имён. Чаще всего за Проней скрывался Прокл (от древнегреческого «минувшая слава»), Прокопий («преуспевающий»), Протасий («передовой») или Прохор («запевала, руководитель хора»). В церковных метриках записывали полное имя, а в быту, среди своих, человека звали Проней. Когда в XV–XVII веках у крестьян и посадских людей начали массово закрепляться наследственные прозвания, за детьми Прони закрепилось отчество Пронин сын, которое со временем превратилось в фамилию Пронина.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пронина — это «дочь или жена Прони», а первоначально форма Пронин относилась к главе семьи. Мужской вариант фамилии — Пронин, женский — Пронина. Такая модель образования типична для северорусских и поволжских земель, где имена на -я и -ня были особенно употребительны. Кстати, имя Проня не стоит путать с уменьшительным от Пётр — Паня или Петя; оно образовано именно от имён на «Про-», что заметно сужает круг возможных первоисточников.

Существующая версия, что основатель рода Прониных происходил из рабочей или крестьянской среды, правдоподобна: простые формы имён и фамилии на -ин редко встречались у дворянства, которое чаще использовало полные церковные имена или фамилии на -ский. В писцовых книгах XVI–XVII веков Пронины встречаются среди крестьян и ремесленников центральных уездов России. Однако не исключено, что отдельные ветви рода могли подняться по социальной лестнице — например, в купечество, где фамилия сохраняла память о крестьянском предке.

Встречается также вариант с основой Пронька — ещё более ласковая форма того же имени. От неё образовалась фамилия Пронькин, а Пронина могла возникнуть и от неё, поскольку в разговорной речи окончания -я и -ька свободно чередовались. В целом же фамилия Пронина — яркий пример того, как за коротким, почти игровым прозвищем стоит целый пласт древнерусской антропонимии, где одно мирское имя объединяло носителей четырёх разных святых.