Фамилия Пронин в подавляющем большинстве случаев — это типичная «именная» фамилия, образованная от краткого разговорного имени Проня. Так в старину в быту называли человека, носившего одно из крестильных имён греческого происхождения: Прокл («минувшая слава»), Прокопий («преуспевающий»), Протасий («передовой») или Прохор («запевала, руководитель хора»). Церковное имя было обязательным, но в повседневной жизни звучало слишком торжественно, поэтому его сокращали до короткого и удобного Проня. От этого прозвища и пошла фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Пронин — «сын Прони», потомок человека, которого звали Проней.

Менее вероятна, но всё же возможна версия, связывающая фамилию с названием реки Проня. Таких рек в России и на сопредельных территориях две: одна течёт в Могилёвской области Беларуси и впадает в Сож, другая — в Рязанской и Тульской областях, правый приток Оки. Если предок рода Прониных жил на берегу одного из этих водоёмов, его могли прозвать по месту жительства. Однако эта гипотеза слабее: прозвища по рекам встречаются реже, чем сокращённые имена, и обычно оставляют след в виде фамилий с суффиксом -ский (Проненский, Пронский), а не -ин.

Интересно, что имя Проня настолько прижилось в народе, что дало жизнь не только фамилии Пронин, но и ряду однокоренных: Пронкин, Прончатов, Пронченков. Это говорит о широкой распространённости исходного прозвища в разных регионах. Документальные подтверждения тому находим в архивных записях. В Книге памяти Смоленской области упомянут Пронин Александр Гаврилович, родившийся в 1887 году в селе Лучевка Холм-Жирковского района. Из документов Липецкой области известен Пронин Александр Нефедович, появившийся на свет в 1880 году в деревне Старый Копыл Лебедянского уезда. Оба примера показывают, что фамилия бытовала в разных губерниях и не была привязана к одному региону.

Среди носителей фамилии есть и герои. Генерал-майор Михаил Андреевич Пронин (1892—1978) за образцовое выполнение боевых заданий на фронте борьбы с немецкими захватчиками, за проявленные отвагу и геройство удостоен звания Героя Советского Союза. Его судьба — ещё одно подтверждение того, что за обычным, на первый взгляд, прозвищем Проня стоит давняя история, уходящая корнями в древнерусскую традицию сокращать греческие имена до домашних форм.