Фамилия Пронюткин — один из тех редких случаев, когда прозвище образовано от глагола, причём с яркой экспрессивной окраской. В основе лежит древнерусское слово «пронютить» — то есть пронюхать, разузнать, выведать. В диалектах «пронюта» означало проныру, человека, который везде сунет нос и всё разведает. Так могли прозвать либо чрезмерно любопытного, либо, наоборот, полезного в хозяйстве сметливого человека, умевшего добыть нужные сведения.

Модель образования здесь нестандартная. Суффикс -кин обычно присоединяется к основам на -а/-я: Проня → Пронькин, а в фамилии Пронюткин появляется дополнительный элемент -ют-. Это характерно для прозвищных форм с уменьшительно-пренебрежительным оттенком: Пронюта — Пронютка — Пронюткин. То есть исходное прозвище звучало как Пронюта или Пронютка и лишь потом, при оформлении фамилии, получило стандартный суффикс принадлежности.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России. В переписях XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Пронюта в Вятской и Костромской губерниях. В современных телефонных справочниках Пронюткины единичны, что подтверждает редкость фамилии — она не вышла за пределы одного-двух родовых гнёзд.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с каноническим именем Прокопий через его народную форму Проня. В этом случае Пронюткин означало бы «внук Прони», но суффикс -ют- в фамилиях от имён почти не встречается, тогда как для прозвищ он типичен. Поэтому версия с «пронырой» выглядит убедительнее.

В дореволюционных метрических книгах фамилия записывалась и как Проню́ткин, с ударением на второй слог. Это указывает на то, что в живой речи прозвище произносили именно так, и лишь при унификации письменных форм ударение могло сместиться.