Фамилия Пропердунькин — яркий пример того, как неблагозвучное для современного уха прозвище превратилось в официальную фамилию. В её основе лежит глагол «пердеть», который в древнерусском языке не имел столь грубой окраски, а обозначал естественный физиологический процесс. Суффикс -ун указывает на деятеля: так называли человека, который часто или громко испускал газы. Это типичная модель для прозвищ, описывающих заметную особенность поведения (сравните: Болтун, Свистун, Ворчун). Приставка про- в данном случае усиливает значение, подчёркивая интенсивность или постоянство действия — «тот, кто постоянно или сильно пердит».

Модель образования фамилии — притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, характерным для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я. Сначала возникло прозвище Пропердунька (ласкательно-уничижительная форма от Пропердун), которое затем закрепилось за потомками в виде Пропердунькины. Такие фамилии часто давали в крестьянской или мещанской среде, где прозвища были откровенными и не скрывали физических недостатков или особенностей. Географически фамилия может быть связана с северными или центральными областями России, где суффикс -ун был особенно распространён.

Встречаются и однокоренные фамилии: Пердунов, Пердуненко, Пропердунов. Однако форма с суффиксом -к- (Пропердунькин) встречается реже и указывает на более позднее, «домашнее» происхождение — от уменьшительного прозвища. В дореволюционных переписях такие фамилии могли не фиксироваться письменно из-за табуированности темы, но в устной традиции они бытовали. В современных базах данных фамилия остаётся крайне редкой, что делает её уникальным свидетельством народной языковой культуры, не боявшейся называть вещи своими именами.