Фамилия Прощухлыгиндин — один из тех редких случаев, когда длинная и громоздкая фамилия образована не от нескольких основ, а от одного прозвища с помощью необычного нагромождения суффиксов. Скорее всего, в её основе лежит прозвище Прощухлыга. Вторая часть слова («-хлыга») в русских говорах могла означать нечто шаткое, вихляющееся или хлипкое (ср. диалектное «хлыгать» — ковылять, хромать). Первая часть «прощ-» может быть искажением от «прощ-» (прощать, прощёный) или, что вероятнее, от глагола «прощупать» (щупать, ощупывать), но в переносном смысле — «пройдоха», «проныра». Таким образом, Прощухлыга — это человек, который «прощупывает почву», хитрый, увёртливый, возможно, прихрамывающий или неуклюжий на вид, но ловкий в делах.

Ключевая особенность фамилии — её суффиксальная цепочка. К основе на -а (Прощухлыг-) добавился суффикс -ин-, образующий притяжательные фамилии от слов женского рода (типа «Марьин»). Затем — редкий для фамилий суффикс -дин- (вариант -дин, как в фамилиях Дядин, Гудин). В итоге получилась двойная притяжательность: «чей? — Прощухлыгин, а от него — Прощухлыгиндин», то есть «сын Прощухлыгина». Такая модель встречается в основном в севернорусских и сибирских говорах, где фамилии иногда «наслаивались» через поколения, превращая отчество в новую фамилию.

Географически фамилия Прощухлыгиндин почти наверняка происходит из архангельских или вятских земель, где подобные трёхсуффиксные фамилии не редкость. Носителями были крестьяне или посадские люди — в дворянской среде такие громоздкие и «говорящие» прозвища не приживались. Интересно, что при переписях XIX века фамилию могли записать и как Прощухлыгин, и как Прощухлыгиндин, в зависимости от того, кто диктовал: отец или дед. Современный вариант с окончанием -индин — более поздняя фиксация полной формы.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Прощухлыгиндин стоит в одном ряду с Прощуповым, Щукиным (от «щука» — тоже проныра) и Хлыгиным (от хромоты). Но его уникальность — в почти полной утрате исходного значения: сегодня мало кто вспомнит, что «хлыга» — это не только хромота, но и кличка для непоседливого, юркого человека. Фамилия сохранила память о диалектном слове, которое исчезло из живого языка.