Фамилия Протанская звучит как типичная фамилия польского или западнорусского происхождения, образованная по модели с суффиксом -ск-. В русской ономастике фамилии на -ский/-цкий долгое время были прерогативой шляхты и дворянства, но к XIX веку их активно перенимало и духовенство, и крестьянство западных губерний. В случае с Протанской ключ к разгадке лежит в географическом названии: основой почти наверняка стало имя населённого пункта — Протань, Протаны или Протанск. Такие топонимы встречаются в Польше, Беларуси и на Украине, где корень «прот-» мог означать что-то связанное с протокой, прорубью или вытянутым участком земли (от польского «próć» — «пороть, разрезать»).

Мужской вариант фамилии — Протанский. Если исходить из шляхетской традиции, предок мог владеть или происходить из деревни Протаны (например, в Подляском воеводстве или на Волыни). Однако в Российской империи фамилии на -ский нередко давали выпускникам духовных семинарий — искусственно, по названию села или прихода. Поэтому нельзя исключать, что первый носитель был сыном священника из села с похожим названием.

Менее вероятна, но возможна версия от прозвища Протан, которое могло возникнуть из диалектного глагола «протать» (в некоторых говорах — «тратить, расточать») либо из польского «prot» (устар. «противник, супостат»). Но в польской традиции прозвища редко давали фамилии на -ский — для этого требовалась приставка или суффикс, указывающий на принадлежность к месту. Поэтому географическая версия остаётся основной.

Фамилия редкая. В современных базах данных она встречается в основном в западных областях России (Брянская, Смоленская), а также в Беларуси и на востоке Польши. Это подтверждает её западнорусские корни. В дворянских родословных книгах Протанские не фигурируют — скорее всего, фамилия мещанская или крестьянская, но с «благородным» окончанием, что в XIX веке было признаком грамотности и амбиций семьи.