Фамилия Проточанский — одна из тех, чья основа лежит на поверхности, но точное значение ускользает из-за многозначности исходного слова. Слово «проток» в русском языке означает ответвление реки, рукав, канал, а также (в переносном смысле) движение, течение. Фамилия образована с помощью типичного для польской и западнорусской традиции суффикса -ский, который указывал на принадлежность к местности или на происхождение из определённого места. Таким образом, Проточанский — это человек, связанный с местом, где есть протоки: живущий у речного рукава, на протоке, либо выходец из села или урочища с названием Протоки, Проточное, Проточа.

Вероятнее всего, фамилия имеет географическое, а не прозвищное происхождение. В польском языке существует слово «protoć» (старопольское «проток»), и фамилии на -аньский (-ański) характерны для шляхетской среды, особенно восточных земель Речи Посполитой (современные Беларусь, Украина, Литва). Проточанский мог быть потомком человека, владевшего землёй у протоки, или крестьянина, переселившегося из деревни Проточа. Встречается и более редкая версия: от прозвища «Проток» — так могли назвать говорливого, быстрого в делах человека или того, кто постоянно куда-то спешил, «протекал» сквозь дела.

С точки зрения словообразования, фамилия прошла через полонизированную модель: корень «проток» + суффикс -ан- (указывает на принадлежность) + -ский. В русской среде аналогичные фамилии (Протоков, Протокин) встречаются реже, а форма Проточанский выдаёт либо западнорусское, либо украинско-белорусское происхождение. Унбегаун в своих работах отмечает, что фамилии на -ский с таким корнем обычно связаны с топонимами, а не с профессиями.

Встречаемость фамилии невысокая, в основном на территории бывшей Гродненской и Волынской губерний, а также среди потомков переселенцев в Сибирь. В дореволюционных источниках носители записаны как мещане и крестьяне, но не исключено, что отдельные ветви относились к мелкой шляхте, потерявшей дворянство. Сегодня фамилия редкая, но не исчезнувшая — её можно найти в реестрах Украины, Беларуси и среди русскоязычной диаспоры.