Фамилия Протупей — редкая и нестандартная для русского уха. Её основа сразу бросается в глаза: «протуп-» похожа на глагол «протупить» (действие, доведённое до конца, вроде «протупил весь день»), но вряд ли предка звали за постоянную нерасторопность. Скорее всего, перед нами искажённое или переосмысленное прозвище, причём ключ к разгадке лежит в суффиксе.

Суффикс -ей в русских фамилиях встречается редко, чаще он характерен для украинской и белорусской традиции (сравните: Карасей, Козубей, Писарчук). В украинском языке суффикс -iй (-ей) образует фамилии от прозвищ или названий профессий. Если принять эту версию, то основа «Протуп-» могла быть формой от «протоп» или «протопоп» — так в старину называли старшего священника, протоиерея. В украинском произношении «протопоп» легко могло сократиться до «протуп» (через аканье или шутливое переосмысление), а затем закрепиться с типичным суффиксальным оформлением. Получается, Протупей — это бывший «протопопей», то есть потомок протопопа.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: прозвище дали человеку, который «протупил» — затупил инструмент или топор при работе. Однако для устойчивой фамилии такая бытовая характеристика слишком случайна, а вот церковная должность — весомый социальный маркер, который часто переходил в родовое имя.

Географически фамилия Протупей, скорее всего, тяготеет к западнорусским землям, где украинское влияние было сильным, — Брянщина, Смоленщина, южные области России. В документах XIX — начала XX века она почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании и, возможно, угасании. Сегодня носители фамилии единичны, и восстановить точную историю рода без архивных записей трудно.