Фамилия Протыняк восходит к прозвищу, а то — к глаголу «протинать». В «Толковом словаре живого великорусского языка» Владимира Даля это слово означает «прорезать, просечь, прорубить, проткнуть, просадить». То есть перед нами прозвище человека, который чем-то занимался: возможно, плотника или того, кто пробивал стены, а может, и вовсе воина с копьём. Точную профессию родоначальника теперь уже не установить, слишком много занятий подходит под такое описание.

Есть и вторая версия, более конкретная. Основой прозвища могло стать нарицательное «протин» — так в некоторых говорах называли отдушину для рыбы, прорубь. Если придерживаться этой гипотезы, предок Протыняк был рыбаком, и прозвище закрепилось за ним по промыслу. Чередование гласных «и» и «ы» в корне — след влияния украинского или белорусского языка, где такое чередование встречается часто. Это же указывает и на возможный регион возникновения фамилии — западные или юго-западные земли.

Суффикс -як в фамилии — типичный славянский формант, который присоединяли к основе прозвища для образования имени человека. Подобные суффиксы (—енко, -ко, -ец, -ик, -чик, -еня) активно использовались при создании фамилий, особенно в украинской и белорусской традиции. В русской традиции чаще встречались окончания принадлежности —ов/-ев, -ин или -ский, но Протыняк явно сформировался в той среде, где предпочитали уменьшительные и прозвищные формы. Сама фамилия звучит как застывшее прозвище, не тронутое позднейшими патронимическими суффиксами, и в этом её особенность.

Что касается носителей фамилии, то она редкая и локальная. Встречается преимущественно на Украине и в прилегающих областях России, куда переселялись украинцы. Известных исторических личностей с такой фамилией в открытых источниках не значится, поэтому говорить о каком-то знатном происхождении не приходится. Скорее всего, это фамилия простого люда — ремесленника, рыбака или крестьянина, получившего прозвище за сноровку в своём деле.