Фамилия Пручинская — женская форма фамилии Пручинский, а та, в свою очередь, образована по классической для восточных славян модели с суффиксом -ск-. Этот суффикс указывает на происхождение от географического названия: владельческий или топонимический признак. Пручинский — значит «тот, кто родом из Пручина» или «пручинский помещик». Основа «Пруч-» почти наверняка восходит к названию населённого пункта, которых на картах бывшей Российской империи известно несколько: например, деревня Пручино в бывшей Псковской губернии или село Пручинка в Черниговской области.

Корень «пруч-» — не очевидный. Он может быть связан с диалектным словом «пруч» или «пручить» — в некоторых говорах так называли извилистый ручей, излучину реки, а также овраг с водой. В этом случае Пручинский — человек, живший у такого извилистого ручья. Менее вероятная, но допустимая версия — отчество от прозвища Пруч, образованного от глагола «пручить» в значении «упрямо гнуть своё» или «напирать» (ср. «прёт»). Однако для фамилий на -ский топонимическое объяснение всегда первично.

Поскольку фамилия Пручинская встречается редко, её носители, скорее всего, происходят из одного или двух локальных гнёзд — вероятно, из западнорусских или украинских земель, где суффикс -ский был особенно распространён среди мелкопоместной шляхты и духовенства. Сословно это могла быть как дворянская фамилия (по названию имения), так и более поздняя семинарская — искусственно образованная по названию села, откуда происходил семинарист.

Если опираться на реальные ономастические данные, то прямых аналогов в словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» нет, но модель «корень + -ский» для фамилий от названий речек и урочищ — одна из самых типичных для юга России и Беларуси. Таким образом, Пручинская — это фамилия, которая почти наверняка привязана к конкретному месту на карте, и её значение — «из Пручина» или «с Пручки».