Фамилия Прусикова — женская форма от Прусиков, и её происхождение стоит искать не в географии, а в личном имени или прозвище. Основа «Прус» или «Прусь» в русских говорах могла означать выходца из Пруссии, но вряд ли напрямую — для прямого указания на национальность чаще использовали суффикс «-як» или «-ак» (Прусак). Куда вероятнее, что Прусик — это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Прус (редкая народная форма канонического Прусий или даже Прохор). В северных и центральных губерниях России имя Прус фиксируется в писцовых книгах XVI–XVII веков, и от него по модели «Прус + -ик» появилось прозвище Прусик, а затем и фамилия.

Суффикс «-ик» в основе указывает на то, что прозвище относилось к молодому или невысокому человеку — такая модель типична для русских фамилий, образованных от уменьшительных форм (ср. Иванов — от Иван, а Иваников — от Иваник). Фамилия Прусиков, соответственно, означает «сын Прусика». Написание с буквой «с» (а не «з») говорит о твёрдом произношении основы: Прусик, а не Прузик.

Географически фамилия Прусиков тяготеет к южнорусским областям — Курской, Воронежской, Тамбовской губерниям, хотя встречается и в Сибири, куда переселенцы принесли её в XIX веке. В дореволюционных метриках носители этой фамилии — в основном крестьяне и мещане, реже однодворцы. Дворянских родов с такой фамилией не известно, что подтверждает её «народное» происхождение.

Стоит отличать Прусиковых от однокоренных Прусаковых и Пруссовых: первые образованы от прозвища Прусак (часто — с указанием на прусское происхождение или на рыжий цвет волос, так как «прусаком» называли таракана), вторые — от фамилии Прусс, которая могла быть и польской, и немецкой. Прусиков — фамилия именно русского словообразования, без иноязычного влияния.