Фамилия Прутченко — характерный пример украинской фамилии, образованной по распространённой модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, один из самых частых в украинской ономастике, изначально имел значение «малый», «сын» или «ученик»: Прутченко — буквально «сын Прутка» или «потомок того, кого звали Прутко».

Основа фамилии — прозвище Прутко. В его основе лежит слово «прут» — тонкая ветка, хлыст или металлический стержень. В восточнославянской антропонимии прозвища по названиям предметов быта, орудий или природных объектов встречаются постоянно. Прутком могли назвать человека за внешность — высокого, худого, «прутообразного», или за характер — прямолинейного, упрямого, «гнутого, но не ломающегося». Возможна и профессиональная связь: прутками в некоторых говорах называли мастеров, изготавливающих прутья для корзин, или же работников, пользовавшихся прутом как орудием (например, пастухов, погонявших скот).

Существует и менее очевидная, но географически обоснованная версия. Река Прут, протекающая по границе Украины и Молдовы, дала название многим топонимам. Житель с берегов Прута мог получить прозвище Прутко, а его потомки — стать Прутченками. Эта версия подкрепляется тем, что фамилия Прутченко встречается в основном в центральных и южных областях Украины, особенно в Черкасской, Кировоградской и Днепропетровской областях, то есть на территориях, исторически связанных с казачеством и переселенцами с запада. Малороссийские и слобожанские казаки нередко получали фамилии по рекам и урочищам.

С точки зрения словообразования, Прутченко — это «вторичная» фамилия: сначала от слова «прут» образовалось прозвище Прутко (с уменьшительно-ласкательным суффиксом -к-), а затем к нему добавился патронимический суффикс -енко. Сравните с однокоренными фамилиями Прутов, Пруткин, Прутников — они образованы по другим моделям (русской, с суффиксами -ов и -ин, или профессиональной, с -ник). Прутченко же однозначно указывает на украинскую среду бытования и, скорее всего, на непривилегированное происхождение: в Российской империи фамилии на -енко редко встречались у дворян, зато были массовыми у крестьян, мещан и казаков.