Фамилия Прутенская — женская форма фамилии Прутенский, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Окончание -ский (с вариантом -ская) в русских фамилиях почти всегда указывает на географическое происхождение или принадлежность к какому-либо месту. Такие фамилии были особенно распространены среди дворянства и духовенства, но могли появляться и у выходцев из других сословий, если человек переезжал и получал прозвище по месту прежнего жительства.

В основе фамилии лежит топоним Прутень или Прутна. Скорее всего, речь идёт о реке Прут — одном из крупных притоков Дуная, протекающем по территории современной Украины, Молдовы и Румынии. В древнерусских летописях река упоминается как Прутъ, а её название могло дать прозвище «Прутеня» — человеку, жившему на её берегах или переселившемуся оттуда. Однако есть и другая версия: в некоторых говорах «прутень» означало «прут», «ветка», «хворостина», и фамилия могла возникнуть как прозвище по внешности (худой, высокий, как прут) или по занятию (например, плетением из прутьев). Но версия с рекой выглядит убедительнее, так как суффикс -ский чаще прикрепляется именно к географическим названиям, а не к нарицательным словам.

Фамилия Прутенский (Прутенская) — редкая. Она не входит в число массовых русских фамилий, и её носители, вероятно, происходят из одного или нескольких локальных родов, связанных с западнорусскими или малороссийскими землями, где протекает Прут. В отличие от фамилий вроде Прутский, которые могли образоваться от города Пружаны (Беларусь) или от слова «прут» в значении «шест», Прутенский сохраняет более прямую отсылку к гидрониму.

Из-за редкости фамилии сложно определить единое сословное происхождение. Но если опираться на модель с -ский, можно предположить, что предки носителей фамилии могли быть либо мелкими помещиками, получившими фамилию по названию своего имения на реке Прут, либо выходцами из духовенства, которые часто брали фамилии по местам службы. В любом случае, Прутенская — это фамилия-указатель, которая говорит о том, что её обладатели когда-то были тесно связаны с конкретной рекой или местностью, и эта связь закрепилась в родовом имени.