Фамилия Прутенский — редкий случай, когда географическая основа очевидна, но не ведёт к однозначному выводу. Корень здесь — «Прут», название реки в Восточной Европе, притока Дуная. Суффикс -ский указывает на принадлежность к местности или владению, то есть Прутенский — тот, кто родом с берегов Прута или владел землёй вдоль этой реки.

Однако стоит разобраться, откуда именно взялась фамилия. Река Прут протекает по территории современной Украины, Молдовы и Румынии, и в Российской империи она была хорошо известна как граница с Османской империей. Фамилия могла возникнуть у дворян, получивших поместья в Бессарабии после присоединения этих земель в начале XIX века. Но не менее вероятно, что Прутенскими называли выходцев из припрутских сел — крестьян или мещан, переселившихся в центральные губернии. В пользу этого говорит типичная модель: в XVII–XVIII веках людей часто записывали по реке или озеру, откуда они пришли, без привязки к конкретному городу.

Интересная деталь: фамилия Прутенский почти не встречается в старых ревизских сказках центральной России, зато попадается в документах Киевской и Подольской губерний. Это подтверждает её юго-западное происхождение. В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые образуются от прозвищ или отчеств, Прутенский — «географический» вариант, и носителей его исторически было немного. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они жили вблизи Прута или имели отношение к землям, которые в XIX веке входили в Бессарабскую область.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Прутский, Прутов — показывает, что Прутенский сохранил более книжную, «официальную» форму, характерную для фамилий, которые давали при переписи или при получении дворянства. Простой народ чаще получал прозвище «Прут» или «Прутов», без суффикса -ск-. Поэтому Прутенский — фамилия, скорее всего, не крестьянская, а принадлежавшая людям, чей статус требовал более формального наименования: священникам, мелкопоместным дворянам или казачьей старшине.