Фамилия Пшегусов — редкая, с прозрачной, но неочевидной для русского уха основой. Она не славянского, а адыгского (черкесского) происхождения, что сразу выделяет её из общего массива русских фамилий на -ов.

В основе лежит адыгское имя или прозвище Пшегус (Пщэгус). На адыгских языках «пщэ» означает «князь» или «владыка», а «гус» — «печаль», «скорбь». Таким образом, Пшегус можно перевести как «княжеская печаль» или «печаль владыки». Вряд ли это было буквальное описание состояния — скорее, прозвище, данное человеку с суровой, задумчивой наружностью или тому, кто пережил тяжёлую утрату, связанную с княжеским родом. Встречается и более бытовая версия: Пшегус могло быть личным именем, которое в дореволюционной Черкесии давали ребёнку в знак скорби по умершему родственнику.

Суффикс -ов указывает на русскую адаптацию фамилии, типичную для народов Северного Кавказа, попавших в орбиту Российской империи. В черкесской среде фамилии часто оформлялись без суффикса (просто Пшегус), но при записи в метрические книги или документы добавляли русское окончание -ов, чтобы вписать носителя в государственную систему. Поэтому Пшегусов — это не исконно русская фамилия, а русифицированная форма адыгской.

Географически фамилия тяготеет к Республике Адыгея и Краснодарскому краю, особенно к аулам и станицам, где исторически жили адыги (черкесы). В центральной России она практически не встречается. Фамилия не имеет отношения к пшекам или пшену — это случайное звуковое совпадение, не подкреплённое ни словообразованием, ни историей бытования.