Фамилия Пшнина — редкий случай, когда основа слова почти не даёт прямых подсказок. На первый взгляд, корень «пшн» напоминает о пшене или пшенице, но это ложный след: в русских фамилиях от названий круп и злаков обычно встречаются суффиксы -ев/-ов (Пшенников, Пшеницын) или -ин (Пшенин). Форма Пшнина явно образована от основы, оканчивающейся на согласный, с помощью типичного женского суффикса -ин-а. Мужской вариант — Пшнин.

Скорее всего, в основе лежит прозвище или нецерковное имя Пшня. В русских говорах «пшня» могло означать нечто мелкое, незначительное — например, так называли крошку хлеба, остаток зерна, а в переносном смысле — тщедушного, невысокого человека. Возможна и другая версия: в некоторых диалектах «пшня» — это растение, похожее на пырей, или сорная трава. В любом случае, прозвище давали по внешности или характеру, а уже от него пошла фамилия.

Фамилия Пшнина встречается очень редко, в основном в центральных и северных областях России. Географически она тяготеет к Вологодской и Архангельской губерниям, где подобные прозвища на -ня (Пшня, Кисля, Гниля) были типичны для крестьянской среды. Значит, предки носителей фамилии — скорее всего, крестьяне или ремесленники, получившие прозвище по характерной примете или поведению.

Интересно, что суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Пшнин — сын Пшни. В старых документах фамилия могла писаться через «ё» (Пшнёнин) или с удвоенной «н» (Пшннин), но современная форма закрепилась как Пшнина. Других однокоренных фамилий, кроме Пшнин и Пшнина, практически нет — это делает её уникальной даже на фоне редких русских фамилий.