Фамилия Псибурдуков — один из тех редких случаев, когда основа прозвища почти наверняка связана с греческим языком, но не напрямую, а через церковную или книжную среду. В центре здесь корень «пси-», который в русской традиции устойчиво ассоциируется с греческой буквой ψ (пси) и, шире, с понятием «душа» (от греч. ψυχή — psyche). Вторая часть — «бурда» — в русских говорах означала мутный напиток, болтушку или, в переносном смысле, путаницу, ерунду. Соединение этих двух элементов даёт необычное прозвище: «Псибурда» — человек, который «мутит душу», говорит сбивчиво, туманно, или же тот, кого прозвали за пристрастие к мутному питью с каким-то «душевным» подтекстом (например, за привычку пить настойки «для души»).

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Псибурды». Интересно, что фамилия не получила распространения из-за своей громоздкости и явной книжности. Скорее всего, её дали в семинарской или духовной среде, где любили составлять прозвища из греческих корней, иногда с иронией. Семинаристу с мутным взглядом или невнятной речью могли присвоить «Псибурду» — отчасти как учёную шутку, отчасти как бытовую характеристику.

В отличие от фамилий на -ский, которые часто давали по месту или церковному приходу, Псибурдуков — пример «искусственного» прозвища, созданного в стенах училища. Это роднит её с фамилиями вроде Богословский или Философов, но с более сниженным, бытовым оттенком. География фамилии невелика: отдельные носители встречаются в центральных областях России, вероятно, потомки тех самых семинаристов, которые вынесли прозвище за пределы духовного сословия.

Спорных версий здесь немного: пытаться выводить «пси» от тюркских или финно-угорских корней малоправдоподобно — слишком специфична греческая приставка. Так что основная гипотеза остаётся единственной: книжное, ироничное прозвище, закрепившееся за одним родом.