Фамилия Пудгородский — редкий случай, когда географическая основа спорит с прозвищной, а суффикс подсказывает социальный статус предка. Скорее всего, перед нами фамилия польского или западнорусского происхождения, образованная по модели «название места + -ский». Такие фамилии в XVI–XVIII веках носили в основном шляхта и духовенство: суффикс -ский указывал на принадлежность к местности или владению.

Корень «Пуд-» может восходить к названию населённого пункта. В Польше и на западе современной Украины есть несколько сёл с похожими названиями: Пудло, Пудлов, Пудники. Вторая часть «-город-» — явный след от «город» или «gród» (укреплённое поселение). Вероятно, исходный топоним звучал как Пудгород или Пудогруд — нечто вроде «город Пуда» или «город у пуди» (польск. puda — «мешок», «куль»). Если так, то предок был владельцем или жителем такого места.

Есть и вторая версия, менее топонимическая, но тоже возможная. «Пуд» — старая русская мера веса (около 16 кг). Прозвище Пуд или Пудя могли дать грузному, плотному человеку, либо торговцу, который отпускал товар пудами. Прибавив к такому прозвищу «городский» (то есть «городской», «живущий в городе»), получили Пудгородский — «городской Пуд». Однако такое образование нехарактерно для русских фамилий: обычно суффикс -ский крепится прямо к основе, без вставного «город». Поэтому первая версия — от названия поселения — выглядит правдоподобнее.

В написании фамилии заметна двойная «д»: Пудгородский, а не Пугородский или Пудогородский. Это указывает на то, что в основе лежало слово «город», а не «град». В польском варианте могло быть Pudgródzki, что при адаптации на русский язык дало Пудгородский. Если бы фамилия была чисто русской, скорее появилась бы форма Пудогородский или Пудовский.

Географически фамилия встречается в основном на западе России и в Беларуси — в зоне контакта польской и восточнославянской ономастики. Сословно носители могли быть как мелкой шляхтой (если фамилия от поместья), так и духовенством (семинарские фамилии часто строили на -ский). Но точных данных о конкретном роде Пудгородских в открытых источниках мало — фамилия остаётся редкой и нераскрученной.