Фамилия Пудохина — женская форма фамилии Пудохин, и её происхождение стоит искать не в очевидном, а в довольно редком для русского ономастикона корне. В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев или -ин, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров, Сидоров), основа «Пудох-» не встречается в святцах и не связана с каноническими христианскими именами. Это сразу указывает на прозвищное или диалектное происхождение.

Самая вероятная версия отсылает к диалектному слову «пудоха» — так в некоторых северных и сибирских говорах называли пугливого, робкого человека, а иногда и просто застенчивого ребёнка. Слово образовано от глагола «пудить» (пугать, гнать) с суффиксом -ох-, который в русских прозвищах часто придаёт оттенок качества или свойства (сравните: «недотепа» — от «дотепать», «растрёпа» — от «трепать»). Таким образом, Пудоха — это человек, которого легко испугать, или тот, кто сам всего пугается. Фамилия Пудохин, соответственно, означает «сын (или потомок) Пудохи».

Менее убедительна, но возможна связь с глаголом «пудить» в значении «гнать, понукать» — тогда Пудоха мог быть прозвищем погонщика или человека, который постоянно торопит других. Однако в этом случае фамилия скорее бы звучала как Пудихин, с другим суффиксальным оформлением. Форма на -ох- указывает именно на качественную характеристику, а не на действие.

Географически фамилия Пудохин встречается редко, с некоторым тяготением к северным регионам — Архангельская область, Вологодчина, а также к Сибири, куда переселенцы принесли северные говоры. В центральных и южных областях России она почти не фиксируется. Это дополнительно подтверждает диалектную, а не книжную природу основы.

Суффикс -ин в фамилии стандартный: он присоединялся к основам на -а/-я, указывая на принадлежность (чей? — Пудохин). Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвища на -оха активно превращались в родовые имена. Сравните с фамилиями Булгаков (от «булга» — беспокойство), Тяпкин (от «тяпа» — удар), Хлопушин (от «хлопуша» — хвастун). Пудохина стоит в одном ряду с этими «характерологическими» фамилиями, рассказывающими не о ремесле, а о черте характера далёкого предка.