Фамилия Пуфеня — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В русской ономастике она выделяется необычным окончанием -еня, которое редко встречается в стандартных фамильных моделях (обычно -ов, -ин, -ский). Такое окончание чаще свойственно украинским или белорусским фамилиям, а также прозвищным формам, которые застыли без дополнительных суффиксов.

Скорее всего, в основе фамилии лежит прозвище Пуфеня. Что оно могло означать? Первая версия отсылает к диалектному глаголу «пуфенить» или «пуфать» — в некоторых говорах это означало «дуть», «пыхтеть», «дышать тяжело». Прозвище могли дать медлительному, неуклюжему человеку или тому, кто громко сопел. Вторая, менее очевидная версия, связывает корень с «пуфом» — мягким сиденьем или чем-то пышным, надутым. Тогда Пуфеней могли назвать полного, дородного человека.

Суффикс -еня в данном случае — уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный, характерный для восточнославянских прозвищ (сравните: Косеня, Толстеня). Фамилия образовалась путём закрепления этого прозвища за потомками без добавления типичных родовых суффиксов — так бывало в украинской и белорусской традиции, а также в некоторых южнорусских регионах. Поэтому предки Пуфени, вероятно, происходили из западных или юго-западных земель России, Украины или Беларуси.

В словарях фамилия не зафиксирована, что подтверждает её локальный, возможно, даже единичный характер. Скорее всего, она возникла в одном роду и не получила широкого распространения. Носители фамилии Пуфеня сегодня — это потомки того самого человека, которого когда-то за что-то выделили прозвищем, связанным с внешностью или повадкой.