Фамилия Пугайкина образована от прозвища или личного имени Пугайка, которое восходит к глаголу «пугать» либо «пугаться». Перед нами типичная модель русских фамилий на -ин: суффикс указывает на принадлежность, то есть «Пугайкина» буквально означает «дочь (или жена) Пугайки». Мужской вариант — Пугайкин — строится по той же схеме, что и, скажем, Козин или Сорокин.

Смысл прозвища неоднозначен, и это как раз тот случай, когда стоит рассмотреть несколько версий. Первая: Пугайкой называли человека робкого, пугливого, которого легко было испугать. Вторая, противоположная: прозвище закрепилось за тем, кто сам любил пугать окружающих — скорее всего, в шутку, ради смеха. Обе трактовки опираются на живое значение глагола, и обе вполне правдоподобны: в народной традиции прозвища часто отражали либо внешнюю черту, либо манеру поведения, причем нередко с изрядной долей иронии.

Третья версия уводит нас в более глубокую древность. Пугайка могло быть не прозвищем, а языческим личным именем-оберегом. В дохристианской Руси существовал обычай давать ребенку имя с «отрицательным» значением, чтобы обмануть злых духов: назовут мальчика Пугайкой — а он вырастет смелым и красивым. Подобная логика охранительных именований хорошо известна историкам: отсюда же пошли имена типа Некрас, Неждан или Горяин. В этом случае имя Пугайка должно было означать «тот, кто пугает видом» или, наоборот, «тот, кто пугается», но цель у родителей была одна — защитить дитя от сглаза и бед.

Какая версия верна для конкретного рода Пугайкиных, сказать сложно. Скорее всего, со временем прозвище и имя слились в единое целое, и фамилия вобрала в себя оба смысловых оттенка. Потомок человека по прозвищу или имени Пугайка со временем получал фамилию Пугайкин, а его дочь или жена — Пугайкина.

Фамилия эта встречается преимущественно в центральной России и Поволжье, хотя точной географической привязки к одному региону нет. Встречаются и родственные формы — Пугаев, Пугач, Пугачев, но Пугайкина отличается от них редким суффиксом -айк-, который придает слову уменьшительно-ласкательный оттенок. Такая модель характерна для прозвищ, бытовавших в крестьянской среде: она звучит не обидно, а скорее шутливо, по-домашнему. В этом — ее особый колорит, отличающий Пугайкиных от более «серьезных» однокоренных фамилий.