Фамилия Пугайкина образована от прозвища Пугайка, которое, очевидно, восходит к глаголу «пугать» или «пугаться». Таким образом, прозвище Пугайка могло указывать на черты характера или особенности поведения предка: он мог быть как робким человеком, которого легко было испугать, либо же имел обыкновение сам пугать окружающих — скорее всего, в шутку. Возможно также, что в основе фамилии Пугайкина лежит не прозвище, а языческое личное имя Пугайка со значением «тот, кто пугает, устрашает внешним видом, или пугается». В этом случае имя Пугайка относится к охранительным именованиям. В данном случае, надеясь иметь красивого или же смелого мальчика, родители назвали его Пугайкой. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пугайка, со временем получил фамилию Пугайкина.